Con el paso de los años, el Museo se había quedado pequeño y poco acorde con las exigencias que la moderna museología planteaba. Hacía falta mucho más espacio para dar cabida a un nuevo tipo de dependencias (punto de información, salón de actos, sala de exposiciones temporales…) y además, una radical reordenación de sus colecciones, para poner en valor un mayor número de obras, de manera que se demandaba más espacio expositivo y de mayores dimensiones.
El objetivo de la intervención fue dotar al museo de todas las necesidades anteriores bajo un esquema funcional cuyo eje de partida y principal era la Casa Palacio. Por lo que la restauración integral de todas sus dependencias, recuperando incluso las bóvedas de arista de las galerías bajas del patio claustral y rehaciendo en su estado original las salas de planta baja, vino a repristinar el inmueble original dieciochesco como ejemplo paradigmático de casa solariega antequerana.
Para los nuevos espacios expositivos contábamos con dos solares inmediatos, uno con fachada a Plaza del Coso Viejo y el otro a Calle Nájera, alcanzándose los más de cuatro mil metros cuadrados construidos. Para dar solución al esquema de recorridos y flujos, el deambular entre el edificio antiguo y los nuevos debía responder a un único organismo, de manera que el patio se convierte en el corazón del edificio, y es a través de las galerías perimetrales, que a modo de arterias, conectan lo antiguo y lo nuevo, proporcionando un discurso expositivo fluido y natural.
Junto a la recuperación de los valores históricos y patrimoniales del Palacio hay que destacar los nuevos factores de innovación, tanto en cuanto a todo tipo de instalaciones como a la moderna concepción arquitectónica de los nuevos edificios que se le han añadido, sin que en ningún caso ello suponga una ruptura gratuita en cuanto a volúmenes y materiales. Lo antiguo, y lo nuevo añadido, dialogan sin estridencias, aunque sin renunciar ninguna de las partes al momento histórico al que pertenecen. Sirva como ejemplo de lo que decimos las diferencias existentes entre dos piezas de idéntica funcionalidad: la escalera barroca del siglo XVIII y la nueva que comunica verticalmente las diferentes plantas de uno de los volúmenes de la ampliación. Ambas monumentales y ambas comprometidas con su tiempo.
