Todo empezó por una serie de cómics, que luego se convirtieron en serie de televisión. Las primeras Ninja Turtles fueron dibujos animados y saltaron al estrellato sobre sus flamantes monopatines. Así eran las primeras Ninja Turtles, urbanas, modernas y amantes de la pizza, siempre acompañados por la reportera más famosa de la época.
La película que nos ocupa es una secuela directa de la anterior película, ambientada un año después de los sucesos narrados en la primera Ninja Turtles. De hecho, esta película es una con la que los que crecimos disfrutando con la serie de 1987 vamos de nuevo a disfrutar, debido a la ingente cantidad de guiños a ella. Por lo que los chavales se lo en grande, y los mayores también la podrán disfrutar.
Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello vuelven a salir de las sombras para proteger las calles de Nueva York. De nuevo, las tortugas ninja deberán enfrentarse al malvado Shredder (Brian Tee) que, tras escapar de la muerte, regresa con un perverso plan para acabar con los cuatro superhéroes. Para lograr su objetivo, el villano ha secuestrado al científico Baxter Stockman (Tyler Perry) del T.C.R.I., para así conseguir la pócima que hizo posible la mutación de las tortugas. Además, y para que luchen en sus filas, Shredder recluta a dos dos esbirros: las criaturas mutantes, Bebop y Rocksteady, con forma de rinoceronte y jabalí, con el fin de destruir a las tortugas ninja.
Por si esto fuera poco, una invasión desconocida desciende de los cielos hasta la ciudad de Nueva York, amenazando con acabar con la humanidad. Para evitar el fin del mundo, las tortugas, junto a sus amigos humanos April O’Neil (Megan Fox) y Vern Fenwick, tendrán esta vez la ayuda de otro aliado: el vigilante Casey Jones (Stephen Amell).